De initiatiefnemer van een project heeft de vrijheid voor één of meer onderdelen van het totale project een omgevingsvergunning aan te vragen. Het totale project wordt dan opgeknipt in meerdere vergunningsplichtige onderdelen, waarbij voor elk onderdeel een aparte omgevingsvergunning wordt aangevraagd. In dat geval spreekt  men van een deelvergunning. Het is echter voor de aanvraag en voorbereidingsprocedure een volwaardige omgevingsvergunning. De initiatiefnemer bepaalt zelf voor welke activiteiten van het project hij een omgevingsvergunning aanvraagt.

Het aanvragen van deelvergunningen kent echter een beperking. Wanneer de activiteiten onlosmakelijk met elkaar verbonden zijn kunnen er geen afzonderlijke
omgevingsvergunningen worden aangevraagd. Van een onlosmakelijke samenhang van activiteiten is sprake wanneer de activiteiten fysiek niet te scheiden zijn. Als voorbeeld wordt daarbij het realiseren van veestallen gegeven, waarbij de werkzaamheden zowel zijn aan te merken als een bouwactiviteit als ook het oprichten van een inrichting. Vraagt de aanvrager slechts voor één van de activiteiten toestemming, dan kan het bevoegd gezag besluiten de aanvraag niet te behandelen vanwege onvolledigheid van de verstrekte gegevens.

Wanneer er sprake is van een onlosmakelijke samenhang van activiteiten kan de vergunning in twee fases aangevraagd worden. Dit kan interessant zijn als de aanvrager snel zekerheid wil over de vergunbaarheid van één van de activiteiten. Bij een gefaseerde vergunningverlening wordt de vergunning gesplitst in twee besluiten (de eerste fase beschikking en de tweede fase beschikking). De activiteiten waarvoor de beschikkingen worden aangevraagd mogen pas worden uitgevoerd, wanneer beide beschikkingen onherroepelijk zijn.

Bron: TK 2006-2007, 30844, nr 3